故事设定在前作《无双大蛇》的一个月之后，三国、战国英豪联手消灭了魔王远吕志，但是好景不长，想要取代远吕志统治天下的各路豪强以及远吕志的残党纷纷在各地发起战乱，而在这些背后，又一个强大的黑暗势力出现......

剧情模式除了除了原本的「魏」、「蜀」、「吴」、「战国」等 4 大阵营的故事之外，并将加入魔王「远吕智」第 5 阵营的故事，叙述在前作故事之前，才刚把三国五战国豪杰召唤到异世界的远吕智，如何指挥旗下的妖怪大军，让异世界陷入战乱的经历。